25. augustil 1922. a. avas tolleaegne Tartu linnavalitsus raekoja alumise korruse ühes tiivas apteegi - Tartu Linnaapteegi. Varem oli nendes võlvlagedega ruumides asunud hülsivabrik. Tartu Linnaapteek oli üks esimesi omavalitsuse apteeke Eestis. Apteegi esimeseks juhatajaks nimetati 8. augustil 1868. a. Pärnus sündinud proviisor Rudolf Krause. Alghariduse sai Krause Pärnu Poeglaste Gümnaasiumis, 1895. aastal lõpetas aga Tartu Ülikooli arstiteaduskonna rohuteaduse osakonna proviisorina. Töötades vahepeal kahes Peterburi ja Tartu Keskapteegis, usaldati 1922. a. temale Tartu Linnaapteegi asutamine. Selles apteegis töötas R. Krause kuni 15. juulini 1940, seega kokku 18 aastat.
Linnaapteegi esimesse koosseisu kuulus 19 töötajat, sealhulgas 4 proviisorit ja kaks apteegi abilist. Esimesel päeval registreeriti 29, teisel päeval 42 retsepti. Apteek kogus linnarahva seas kiiresti populaarsust, mille ühe põhjusena oli kahtlemata soodne asukoht. Apteek töötas kahes vahetuses ja öövalves. Iga proviisori kohta oli veel ka üks õpilane, kellest paljud olid praktikat sooritavad farmaatsiaüliõpilased. Aastatel 1922-1940 kõikus apteegi personali suurus 19-23 töötajani.
Tolleaegne apteek valmistas ise väga palju galeenilisi preparaate, nagu tinktuure, siirupeid, salve ja kosmeetikat. Sellest tingituna oli apteegis ka rikkalik laboratooriumi sisustus, kuhu kuulus kaks droogipressi, tuubide täitmise masin, kask perkolaatorit, suposiidide masin, gloobulite masin, patsillide masin, tabletimasin, oblaatide täitmise aparaat, pillide masinad, analüütilised kaalud ning kõikvõimalikud klaasnõud - kolvid, keeduklaasid, mõõtsilindrid, lehtrid, püretid, pipetid, katseklaasid jne. Omavalmistatud ravimeid analüüsis tavaliselt abijuhataja. Töötingimused olid siiski aga suhteliselt rasked. Retseptor töötas seistes kuus tundi, assistendil oli käeulatuses ainult üksikud seisuanumad ja enamus tuli tuua selja taga asuvalt riiulilt, kõrgemaid sai kätte seejuures vaid redeliga. Kord aastas omavalitsuse apteegis läbi viidud inventuur näitas, et apteek töötas tavaliselt kasumiga.
15. juulist 1940. a. oli apteegi juhataja ametikohal Võrumaal sündinud proviisor Jüri Petersoo. Kui 1941. aastal sakslased Petersoo arreteerisid, asendas teda abijuhataja proviisor. A. Hermann. Saksa okupatsiooni ajal oli apteegi nimetuseks Tartu Rae apteek nr. 144. Pärast sõda alustas apteek tööd 26. augustil 1944. aastal nimetuse all Tartu Linna apteek nr. 1. Töötajaid oli tollal 21. Pärast Tartu vabastamist oli lühikest aega juhatajaks proviisori abi Jakob Kuik, 25. novembril 1944. a. määrati juhatajaks aga proviisor Aliide Rüütli. Kui apteek oli sõjajälgedest enam-vähem korrastatud, võtsid apteegi töötajad osa ka linna taastamistöödest. Kaubahoovi platsi serva istutas iga apteegi töötaja ühe pärnapuu.
1951. aastal anti apteegile uueks nimeks Apteek nr. 137 Tartus ning juurde anti teine juhataja asetäitja koht. 16. detsembril 1953. aastal moodustati apteegis kolm osakonda: varu-, retseptuuri- ja käsimüügiosakond, mis aga likvideeriti vähese efektiivsuse tõttu neli aastat hiljem. Töötajaid oli 1953. aastal kokku 31. 1954. aastal sai apteek uue nelja kohaga assisteerimislaua, mis võimaldas assistentidel töötada istudes. Assistendi tuba eraldati ofitsiinist klaasist vaheseinaga. Ofitsiini ümberkujundamise järel sai istudes töötada ka retseptar. Ofitsiini ehitati juurde ka tuulekoda.
1963. aastal nimetati apteek Raekoja apteegiks, kus töötas kokku 47 (sealhulgas 27 eriharidusega) inimest. Sama aasta 25. jaanuaril määrati apteegi juhatajaks Olev Toots, kes oli sellel ametipostil kuni 1975. aastani. Vastavalt ajastu nõuetele toimus apteegis 1963-1964 suurem ümberehitus, kus ofitsiin, assisteerimistuba, köök ja materjaliruum sisustati uue kaasaegse mööbli ja aparatuuriga. Eesotsas juhatajaga vahetas kollektiiv senise valge kitli tumeda töökuue vastu. Iga aastaga apteegi töömaht aina suurenes ja 1968. aastast jõudis apteek kõrgeimasse kategooriasse. Töötajaid oli sel ajal 48. Apteegil oli oma filiaal Tartu Sünnitusmaja naistenõuandlas, ravimitega varustati ka Tartu Onkoloogia Dispanserit, Stomatoloogia Polikliinikut, I Väikelaste kodu ja mitmeid teisi väiksemaid linna asutusi, lisaks ka Piirissaare elanikke. Kaupade loetelus oli üle 3000 nimetuse, millest medikamendid moodustasid 95%. Teadlikult vähendati parfümeeria ja kosmeetika osakaalu.
28. jaanuaril 1975. aastal asus Olev Tootsi asemel juhataja kohuseid täitma senine juhataja asetäitja Koidula Paasik. Sama aasta suvel läks Kivisilla apteegi maja kapitaalremonti ja sealne apteek viidi üle Kuperjanovi tänavale. Seega oli Reakoja apteek mõneks ajaks südalinnas ainukeseks apteegiks ja töökoormus oli seetõttu ka tunduvalt kõrgem. 30. mail 1976. aastal sai juhatajaks proviisor Maila Madise, kes töötas seal kuni 1980. aastani, mil asus samal aastal Poe tänavas avatud Kesklinna apteegi juhatajaks. Ka Kesklinna apteegi koosseis komplekteeriti Raekoja apteegi töötajate baasil, kust viidi üle 20 inimest. Raekoja apteegi uueks juhatajaks sai Tea-Mai Tammaru.
1984. aastal tehti apteegi ruumides ulatuslik remont, kus ofitsiin sai täiesti uue tumeda omanäolise mööbli. Soojamured lahenesid keskkütte sissetoomisega raekotta. Senisest puukeldrist sai avar garderoob, lubjakeldrist aga puhkeruum. Apteek avas peale remonti taas uksed 10. detsembril 1986. aastal.
11. novembril 1991. aastal asus apteegi juhatajana tööle Tiia Kärner, kes on selles ametis praeguseni. Apteegis viidi läbi sanitaarremont, mille käigus said uue katte ka põrandad. Iseseisvale bilansile läks Reakoja apteek üle 04. jaanuaril 1993 ja apteegi nimetuseks sai R/E Raekoja Apteek. 24. novembril 1993. aastal asus apteek tööle Tartu linna munitsipaalalluvuses. 1994. aastal võeti apteegis kasutusele arvutid. Lao ja müügi arvestusteks kasutatakse tarkvara RAX.
19. juunil 1998.a. toimus Tartu Linnavalitsuse poolt korraldatud kirjalik enampakkumine Raekoja Apteek ME müügiks. Raekoja Apteek uueks omanikuks sai Parimex Invest OÜ juhatajaga Meelis Mäeots.
1999. aasta augustis toimus apteegis ulatuslik remont, mille käigus laiendati muude ruumide arvelt ofitsiini poole võrra. Alates 1988. aasta augustist on apteek klientide teeninduses 24 tundi ööpäevas.
25. augustil 2002 tähistas Raekoja Apteek oma 80. sünnipäeva. Apteek kasutab oma töös kaasaegseid järjest uuenevaid infotehnoloogilisi lahendusi, mis hõlbustavad klientide teenindamist ja apteekrite tööd. 2002.a. novembris sai apteek uue sisustuse, sisekujundaja Hannes Praks.
Raekoja Apteek põhitegevuseks on ikka ravimite ja apteegikaupade müük, ravimite ekstemporaalne valmistamine, põetusvahendite müük, apteegikosmeetika ja hügieenivahendite müük ning elanikkonna nõustamine tervishoiualastes küsimustes ööpäevaringselt. Kaupade loetelus on 2005. aasta lõpus üle 5100 nimetuse, millest enamuse moodustavad ravimid, sihipäraselt oleme suurendanud apteegikosmeetika ja toidulisandite valikut apteegis.
2005. aasta detsembriks on Raekoja Apteek`l 11 tegutsemis-müügikohta. Tartus asuvad apteegid: Raekoja Apteek, Raekoja Apteegi haruapteek Riiamäe Apteek, Raekoja Apteegi haruapteek Kaubamaja Apteek, Lõunakeskuse Apteek, Karete Apteek, Karete Apteegi haruapteek Veeriku Apteek, Kalda tee Apteek, Kalda tee Apteegi haruapteek Hyper Rimi Apteek, Kivilinna Apteek. Elvas asuvad Farina Apteek ja Männilinna Apteek.
20.02.2006.a. ühines Raekoja Apteek oma emaettevõtjaga - OÜ'ga Parimex Invest ning tegevust jätkati uue ärinimega Terve Pere Apteek OÜ. Terve Pere Apteek OÜ juhatajaks on Kadri Tammepuu.
